Ci, którzy sprzeciwiają się genetycznie zmodyfikowanej żywności obejmują szeroki zakres grup interesów, od Greenpeace do stowarzyszeń rolników do kościołów chrześcijańskich, i tak dalej. Ich sprzeciw koncentruje się w trzech obszarach:
Po pierwsze, modyfikacja genetyczna jest sprzeczna z naturą, a zatem szkodliwa. Zwolennicy retorted, że dzisiejsze uprawy nie są już prymitywne odmiany, w przeciwnym razie warzywa, które ludzie jedzą powinny być takie same jak trawa, że zwierzęta jedzą.
Po drugie, po wprowadzeniu do roślin genów o odporności na herbicydy lub toksycznych funkcji zabijania szkodników, czy żywność, którą zapewniają ludziom, jest bezpieczna? W odpowiedzi na to zwolennicy podkreślili, że do tej pory żadna wykwalifikowana instytucja badawcza nie znalazła dowodów na to, że genetycznie zmodyfikowana żywność szkodzi zdrowiu ludzkiemu, ale ich długoterminowy wpływ można wywnioskować i trudno jest uzyskać wyczerpujące dowody, aby przekonać ludzi.
Po trzecie, czy możliwe jest, że promowanie roślin zmodyfikowanych genetycznie zbyt pospiesznie wpływa na rolnictwo i środowisko ekologiczne? Promowanie genetycznie zmodyfikowanych upraw, które są odporne na herbicydy, może zachęcić rolników do nadużywania herbicydów, szkodząc w ten sposób lub nawet wymarzając niektóre uprawy inne niż główne. Wielu rolników w krajach rozwijających się stosuje takie uprawy inne niż główne jako żywność uzupełniającą lub paszową. U.S. Fisheries and Wildlife Administration odkryła, że 74 gatunki roślin są zagrożone przez skutki herbicydów.