Istnieją dwa główne aspekty, jeden to proteomika strukturalna, a drugi to proteomika funkcjonalna. Jego granice badawcze są z grubsza podzielone na trzy obszary:
(1) Ustanowienie proteomu lub podproteomu i jego grupy powiązań proteomu dla organizmów lub komórek tkanek związanych z bazą danych genomu lub transkryptomu, czyli proteomiczną konstytutywną.
(2) Wykonywanie miejscowej proteomiki lub proteomiki porównawczej ważnych systemów fizjologicznych i patologicznych lub procesów dla ważnych procesów życiowych lub poważnych chorób ludzkich.
(3) Badanie interakcji między białkami za pomocą różnych zaawansowanych technologii i mapowanie białek pewnego systemu, czyli interaktywnej proteomiki, znanej również jako proteomika "atlasu komórkowego".
Ponadto, wraz z pogłębieniem badań proteomiki, pojawiły się nowe kierunki badań, takie jak proteomika subkomórkowa i proteomika ilościowa. Proteomika jest ważną metodą badawczą biologii systemów.